Utterns tillbakagång beror troligtvis på miljögifter och förstörda livsmiljöer. Uttern har visat sig ha höga halter av miljögifter i kroppen. Gifterna får den i sig när den äter fisk. Uttern äter till exempel en gädda som i sin tur har ätit småfisk. Gifterna som finns i både småfisken och gäddan anrikas i uttern. Det innebär att uttern får i sig stor mängd av gift, bland annat PCB. PCB försämrar fortplantingsförmågan hos mink och detsamma gäller säkerligen även för utter.
Ett annat avgörande hot är att livsmiljöer har förstörts. Orsakerna till det är bland annat försurning, vattenreglering, övergödning och utdikning av våtmarker.
Det händer att uttrar blir påkörda och dödade i vägtrafiken eller att de fastnar och drunknar i fiskeredskap. För en liten utterpopulation kan dessa olyckor vara förödande.
